Desde la fundación de la Villa, una de las principales preocupaciones de los colonizadores fue la seguridad, esta no se limitaba a la barbarie de los chichimecas que continuamente bajaban al valle para robar comida o animales, sino también a la de la salud. Por lo que uno de los principales cuestionamientos de los fundadores era que hacer en caso de enfermedad.Partiendo de esto, Alonso Espino, primer sacerdote de la Villa, se constituyo en un líder para sacar adelante el reto que significaba la construcción de un lugar en especifico para atender a los enfermos. Pero no fue sino hasta 1580, cuando la Villa fue nombrada Alcaldía Mayor, que el Cabildo acordó asignar un predio cercano a la plaza mayor para la construcción de un hospital.
Durante los siguientes dos años, hasta 1582 se realizo la construcción de lo que vendría siendo el primer hospital. Llamado San Cosme y San Damián en honor a estos dos hermanos gemelos, se ubico a un costado de la Iglesia Mayor, actualmente la calle 5 de Febrero.
Desgraciadamente la labor de atender a los enfermos de la Villa se vio truncada por la muerte del Fraile Alonso Espino a manos de los chichimecas en 1586. A partir de eso, fue el Ayuntamiento con el apoyo de los frailes Franciscanos, los que asumieron el trabajo de administrar el hospital y atender a los enfermos.
Ante el crecimiento poblacional de la Villa, para el año de 1616; y por consecuencia de las necesidades de la misma, pues ya existían los pueblos de San Miguel de la Real Corona, el Cuisillo y la comunidad de Barrio Arriba, el Ayuntamiento en acuerdo con los frailes Franciscanos, solicitaron al Obispo de Michoacán el envío de otros religiosos que auxiliarían en la labor social y espiritual.
Por lo que en ese mismo año llegaron a la Villa los clérigos regulares de la Orden de San Juan de Dios, conducidos por Fray Alonso Pérez.
Los Juaninos, como también se les conocía, asumieron el control del hospital en 1617, luego de retirarse de la responsabilidad los frailes franciscanos. Tal vez debido al propio celo existente entre las ordenes religiosas, los Juaninos solicitaron el apoyo de las autoridades para construir su propio monasterio. En 1620, los ubicaron en un ejido que colindaba con las tierras pertenecientes a la población de San Miguel y del Cuisillo, y tuvo como objetivo la atención espiritual y de salud de ambos pueblos.
Iniciaron la construcción de su templo que seria terminado mas de un siglo después, en 1765. El templo se convirtió en el corazón de los pueblos de San Miguel y del Cuisillo por estar construido en sus limites.
Con el tiempo y con la llegada de mas pobladores, se le empezó a dar el nombre de Barrio de Abajo para diferenciarlo del "Barrio Arriba".
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